妈阁交通枢纽地库层设有停车场，於地库三层提供轻型汽车及电单车泊车位，现时对外开放，驾驶者请留意停车场出入口位置。
| 位置： | 妈阁交通枢纽地库三层 | |
| 出入口： | 於西湾湖景大马路邻近妈阁交通枢纽巴士总站路段 | |
| 停泊位： | 轻型汽车： | 201 个 (包括3个伤残人士专用轻型汽车泊车位) |
| 电单车： | 403 个 | |
| 收费： | 轻型汽车： | 08:00 至 20:00 前 - 每小时或不足 1 小时收费 6 澳门元 其馀时段 - 每小时或不足 1 小时收费 3 澳门元 |
| 电单车： | 08:00 至 20:00 前 - 每小时或不足 1 小时收费 2 澳门元 其馀时段 - 每小时或不足 1 小时收费 1 澳门元 |
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| 备注： | 当车辆连续泊车超过停车场规定之泊车时间上限，其后（即由连续停泊第九日起）每小时或不足一小时收取双倍的泊车费用 | |
