媽閣交通樞紐地庫層設有停車場，於地庫三層提供輕型汽車及電單車泊車位，現時對外開放，駕駛者請留意停車場出入口位置。
| 位置： | 媽閣交通樞紐地庫三層 | |
| 出入口： | 於西灣湖景大馬路鄰近媽閣交通樞紐巴士總站路段 | |
| 停泊位： | 輕型汽車： | 201 個 (包括3個傷殘人士專用輕型汽車泊車位) |
| 電單車： | 403 個 | |
| 收費： | 輕型汽車： | 08:00 至 20:00 前 - 每小時或不足 1 小時收費 6 澳門元 其餘時段 - 每小時或不足 1 小時收費 3 澳門元 |
| 電單車： | 08:00 至 20:00 前 - 每小時或不足 1 小時收費 2 澳門元 其餘時段 - 每小時或不足 1 小時收費 1 澳門元 |
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| 備註： | 當車輛連續泊車超過停車場規定之泊車時間上限，其後（即由連續停泊第九日起）每小時或不足一小時收取雙倍的泊車費用 | |
